Depuis le 1er septembre 2026, les arrêts de travail ne pourront plus être prescrits sans limite de durée. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 plafonne les arrêts initiaux à 31 jours et les prolongations à 62 jours, sauf justification médicale renforcée écrite. Une réforme qui bouleverse la gestion des absences longues : quel rôle pour les élus du CSE face à ce nouveau cadre ?
Jusqu’alors, aucune limite légale ne s’imposait à la durée d’un arrêt de travail pour maladie non professionnelle : le médecin prescripteur restait seul juge de la durée, initiale comme en prolongation. Ce principe évolue en profondeur avec le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, publié au Journal officiel du 13 juin 2026 (JORF n°0137), qui instaure pour la première fois un plafonnement réglementaire de la durée des arrêts de travail ouvrant droit aux indemnités journalières de l’Assurance Maladie.
Le texte entre en vigueur le 1er septembre 2026 et concernera l’ensemble des salariés du secteur privé. Pour les élus du comité social et économique (CSE), cette réforme touche directement à la gestion des absences pour raison de santé, à l’articulation avec les régimes de prévoyance complémentaire et, plus largement, aux conditions de travail des salariés en arrêt prolongé.
Ce que prévoit précisément le décret n° 2026-498
Le décret crée un nouvel article R. 162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale. Il fixe deux plafonds distincts :
- une prescription initiale d’arrêt de travail limitée à 31 jours ;
- une prolongation qui ne peut excéder 62 jours par renouvellement.
Ces plafonds s’appliquent aux médecins, chirurgiens-dentistes et sages-femmes habilités à prescrire un arrêt de travail. Le décret précise que ces durées maximales ne s’appliquent pas à Mayotte et concernent les prescriptions établies à compter du 1er septembre 2026, quelle que soit la date de début de l’arrêt en cours.
Des dérogations encadrées mais laissées à l’appréciation du prescripteur
Le plafonnement n’est pas absolu. Le prescripteur conserve la possibilité de délivrer un arrêt d’une durée supérieure lorsque l’état de santé du salarié le justifie, notamment au regard des recommandations de la Haute Autorité de santé (HAS) applicables à la pathologie concernée. Dans ce cas, le décret impose une justification médicale écrite : le motif médical du dépassement doit désormais figurer obligatoirement sur le volet de l’arrêt destiné à la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM).
Cette exigence de motivation renforcée constitue le principal garde-fou du dispositif. Elle permettra également aux caisses d’assurance maladie de contrôler plus étroitement les prescriptions dépassant les seuils fixés.
La téléconsultation, un canal désormais restreint
Le décret s’accompagne d’un encadrement spécifique des arrêts prescrits par télémédecine. Une prescription initiale délivrée en téléconsultation ne pourra pas excéder trois jours, sauf lorsqu’elle émane du médecin traitant ou de la sage-femme référente du patient, ou lorsque celui-ci se trouve dans l’impossibilité de consulter en personne. Cette restriction vise notamment les plateformes de téléconsultation généraliste, pointées du doigt ces dernières années pour des prescriptions d’arrêts jugées trop souples.
Quelles conséquences en cas de non-respect ?
Le non-respect des plafonds ou de l’obligation de motivation n’est pas sans conséquence pour le salarié : la CPAM peut refuser le versement des indemnités journalières correspondant à la période excédant les durées autorisées, ou suspendre leur versement dans l’attente des justificatifs médicaux requis. Les salariés concernés par un arrêt long devront donc être particulièrement attentifs à ce que leur prescripteur mentionne explicitement le motif de dépassement sur chaque renouvellement.
Un texte contesté, entre rigueur budgétaire et risque de présentéisme
Présenté par le ministère de la Santé, des familles, de l’autonomie et des personnes handicapées comme un outil de régulation des dépenses d’indemnités journalières, le décret a suscité de vives critiques syndicales dès sa publication. La CGT dénonce notamment une mesure « motivée par des impératifs budgétaires au détriment de la santé » des salariés, susceptible d’inciter à des reprises de poste prématurées faute de nouvelle prescription dans les délais.
Pour les représentants du personnel, l’enjeu est réel : un salarié contraint de reprendre le travail avant une guérison complète, par crainte d’une interruption de ses indemnités, expose l’entreprise à un risque accru de rechute, d’accident du travail ou d’altération durable de son état de santé.
Le rôle du CSE face à cette réforme
Le décret ne crée aucune obligation de consultation formelle du CSE : il modifie une règle relevant du Code de la sécurité sociale, et non du Code du travail. Il n’en demeure pas moins directement rattaché aux missions générales de l’instance définies à l’article L. 2312-8 du Code du travail, qui charge le CSE d’assurer l’expression collective des salariés sur les conditions d’emploi et de travail et prévoit son information-consultation sur tout aménagement important modifiant les conditions de santé et de sécurité.
Dans ce cadre, les élus ont tout intérêt à se saisir du sujet en amont de son entrée en vigueur : interroger l’employeur sur l’articulation entre ce nouveau plafonnement et le régime de prévoyance complémentaire applicable dans l’entreprise, s’assurer que les services de santé au travail sont mobilisés pour les visites de pré-reprise dès trente jours d’arrêt, et informer clairement les salariés de leurs nouvelles obligations déclaratives auprès de leur prescripteur.
Ce que doivent retenir les élus du CSE
- À compter du 1er septembre 2026, les arrêts de travail sont plafonnés à 31 jours en prescription initiale et 62 jours par prolongation (décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, art. R. 162-1-7-1 du Code de la sécurité sociale).
- Un dépassement reste possible si l’état de santé le justifie, mais suppose une motivation médicale écrite transmise à la CPAM.
- Les arrêts initiaux prescrits en téléconsultation sont limités à 3 jours, sauf exceptions liées au médecin traitant ou à l’impossibilité de consulter en présentiel.
- Le non-respect de ces règles expose le salarié à un refus ou une suspension des indemnités journalières.
- Le CSE, bien que non formellement consultant sur ce décret, doit anticiper ses effets sur la santé au travail, la prévoyance et le risque de présentéisme.
- Une vigilance particulière s’impose pour les salariés en arrêt long à cheval sur la date d’entrée en vigueur du texte.
Face à un dispositif technique aux conséquences concrètes pour les salariés, les élus du CSE peuvent utilement se former pour maîtriser les nouvelles règles applicables aux arrêts de travail et anticiper leurs échanges avec la direction. Pour être accompagné dans cette veille juridique et sécuriser vos prises de position en réunion, découvrez nos formations dédiées aux élus du CSE.
Sources
- Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 relatif au plafonnement de la durée des arrêts de travail donnant lieu au versement d’indemnités journalières – Légifrance
- Arrêt maladie : quelle est la durée maximale d’un arrêt de travail à partir du 1er septembre 2026 ? – Code du travail numérique, ministère du Travail
- Article L. 2312-8 du Code du travail – Légifrance
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